Dalam rangka menyelenggarakan Tugas dan fungsi BAKN di bidang administrasi dan pembinaan PNS di daerah, dengan Keputusan Kepala BAKN Nomor 53/Kep/1997 tanggal 9 Desember 1997. Dibentuklah wilayah V BAKN yang berkedudukan di Jakarta dengan wilayah kerja meliputi Provinsi Ibukota DKI Jakarta, Se-wilayah Kalimantan Barat dan Se-wilayah Lampung.
Pembentukan Kantor Wilayah V BAKN merupakan kelanjutan program BAKN untuk membentuk kantor wilayah di daerah yang sebelumnya telah dibentuk beberapa Kanwil BAKN, yakni Kantor Wilayah 1 Yogyakarta, Kantor Wilayah 2 Surabaya, Kantor Wilayah 3 Bandung dan Kantor Wilayah 4 Makasar. Adapun tujuan pembentukan Kanwil BAKN adalah untuk meningkatkan dan memperlancar serta mendekatkan pelayanan kepada PNS di daerah, yang jumlahnya semakin bertambah. Yang dimaksud PNS di daerah adalah PNS daerah dan PNS Pusat yang bertugas di instansi vertikal di wilayah kerja Kantor Wilayah V BAKN.
Mengingat semasa pembentukan Kantor Wilayah V BAKN belum memiliki gedung sendiri, maka dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya untuk sementara Kantor Wilayah V BAKN menggunakan ruangan di lantai 12 Gedung BAKN Pusat.
Dengan ditetapkan Keputusan Presiden Nomor 95 tahun 1999 tentang Badan Kepegawaian Negara (BKN), maka berdasarkan Keputusan Kepala BKN Nomor 03/KEP/2000 tanggal 18 Januari 2000 nama Kantor Wilayah V BAKN berubah menjadi Kantor Regional V BKN Jakarta dengan wilayah kerja Provinsi DKI Jakarta. Atas permintaan dari Provinsi Lampung dan Provinsi Kalimantan Barat, mulai bulan Juli 2001 wilayah kerja Kantor Regional V BKN Jakarta yang semula hanya meliputi wilayah Provinsi DKI Jakarta diperluas dan ditambah dengan wilayah Provinsi Lampung dan Provinsi Kalimantan Barat.
Untuk lebih meningkatkan pembinaan dan pelayanan kepada PNS di wilayah kerja Kantor Regional V BKN Jakarta, atas kerjasama dengan Pemerintah Provinsi DKI Jakarta pada bulan Juli 2002 Kantor Regional V BKN Jakarta memiliki gedung kerja sendiri di Jalan Raya Bogor Km. 24 Cijantung Jakarta Timur yang merupakan pinjaman dari Pemerintah Provinsi DKI Jakarta.
Demi meningkatkan pelayanan kepada PNS di wilayah kerja Kantor Regional V BKN Jakarta, pimpinan Kantor Regional V BKN yang didukung oleh pimpinan BKN Pusat mengajukan permohonan kepada Pemerintah Provinsi DKI Jakarta untuk menyediakan asset tanah milik pemerintah Provinsi DKI Jakarta guna membangun gedung Kantor Regional V BKN dengan cara membeli (ruislagh).
Atas dasar permohonan tersebut, pada tanggal 11 Mei 2004 Pemerintah Provinsi DKI Jakarta mengeluarkan persetujuan pemanfaatan lahan yang terletak di Jalan Raya Ciracas No. 36 Jakarta Timur untuk dibangun gedung Kantor Regional V BKN Jakarta. Dan pada bulan November tahun 2007 akhirnya Kantor Regional V BKN Jakarta dapat ditempati.